作为广州乃至华南地区最专业的儿童医疗机构，市妇女儿童医疗中心儿童眼科的综合实力在本地也是首屈一指，在儿童眼科的主要诊疗、筛查领域，已达到国内先进水平。2007年，该院与致力为各国眼病患者恢复光明的国际NGO奥比斯进行合作，成立“广州市儿童眼病防治中心”，在本地儿童眼科医疗领域拥有较大优势。 屈光不正是青少年最常见的眼科疾病，由于儿童对视物清晰与否尚无明确概念，不适当地佩戴眼镜容易加深孩子的病症，损害视力，而市妇女儿童医疗中心眼科与其他验光机构相比，更注重结合儿童发育的特点，在预防儿童弱视等眼科疾病中有着更丰富经验。同时该院也建立了广州市内最大的儿童弱视集中治疗中心，每年治疗的弱视患儿多达数千人，配套设立的双眼视觉训练中心则为顽固病症的偏中心注视、立体盲的患儿，提供华南地区最为专业与完善的医疗服务。 2004年开始，广州市儿童医院眼科成立了“广州市早产儿视网膜病变筛查中心”，自发研制的“计算机辅助双目间接检眼镜及计算机成像技术”，配合国际先进的RetcamII等筛查仪器，为数千名早产儿进行筛查，并对百余例早产儿视网膜病变进行了手术治疗，收获良好的治疗效果和患者声誉。另外，泪道阻塞是困扰不少婴幼儿的眼科疾病，市妇女儿童医疗中心儿童根据患儿年龄及病情，灵活采用手法按摩、泪道冲洗、泪道探通、泪道手术乃至泪道植管手术等治疗方案，每年有近万例的泪道病患儿得到治愈，相关好评经常见诸于新生儿网络论坛。 医师方面，项道满是该院眼科主任，也是当之无愧的学术带头人，亦是中华眼科学会广州分会副主任委员，对于儿童眼部畸形、先天性白内障、复杂斜视早期诊断等较为艰深的儿童眼科疾病拥有丰富经验，门诊号经常一票难求。 由于珠江新城院区建成较晚，环境设备各方面较新，患者挂号、候诊时较少出现过于拥挤的情况。不过该科室停止挂号的时间要比其他科室早，患者就诊时间最好不要超过下午4点，以免白走一趟。