北京儿童医院作为北京地区不多的三级甲等儿科医院，在儿科领域的经验和实力相信无人质疑。其儿童眼科于上世纪70年代设立，四十年间从单一门诊发展成拥有门诊、病房、验光配镜中心、弱视训练等服务的综合性小儿眼科。北京儿童医院眼科培养出了不少儿童眼科专家，其中最知名的当属俨然成为“网络红人”的于刚教授（长期担任该院儿童眼科主任，17年中走出体制建立自己的儿童眼科品牌）。

与成人相比，儿童有着不少特有的眼科病症，儿童眼科自然就要设立相应的眼疾筛查和诊疗项目。北京儿童医院眼科设有泪道专业、斜弱视专业、验光配镜专业，特别在小儿斜视、泪道疾病、近视弱视治疗、视网膜母细胞瘤针织等方面居国内领先水平。经过技术攻关和临床积累，该科首创的微创泪道再建手术和专门的眼科震颤治疗小组，在泪道疾病和眼球震颤这两大常见的儿童眼科疾病的诊治中，形成了自身的优势项目，可以说是北京目前相关领域治疗经验和效果最好的科室。值得各位家长注意的是，由于儿童患者，特别是新生儿的特殊性，家长需留意孩子的瞳孔区（俗称黑眼仁）有否发白，因为许多眼科疾病症状表现为白瞳症，如先天性白内障、一些先天性眼底疾病、眼内肿瘤等，会严重影响视力。因此一旦发现瞳孔发白，请立即带孩子到正规的眼科医院（儿童眼科为佳）进行筛查和诊治。

在于刚离职后，李莉和吴倩担任该院儿童眼科的正副主任。两位教授在小儿弱视、斜视病症中有着丰富经验，对一些复杂斜视、麻痹性斜视有着独到见解，属于业界学界的权威。吴倩教授还擅长于一些儿童/青少年青光眼、白内障的诊治以及高度近视验配、矫正。两位教授名声在外，每日的预约号基本爆满，条件允许的患者可尝试在周一（李莉）、周三（吴倩）的眼科特需门诊中挂号。

北京儿童医院门诊楼建成较久，空间狭小，加上患者量颇大，显得拥挤，这种感觉在与耳鼻喉科共用楼层的眼科中尤为明显。另外，该院眼科拥有一个配镜中心，以Ok镜、近视镜、各类斜弱视矫正眼镜为主，价格自然比市面上的配镜品牌要高，但胜在能与检查诊治衔接，质量有保障。