清华附中是老牌名校，不过一直在进行改革，经历多次重组、拆散，其组织机构有些混乱。除本部外，还有成立于1978年，专门面向清华教职工子女进行初中教育的清华第二附属中学。二附于1999年并入清华附中，改向全民招生。另一个常被混淆的-概念是清华大学附属实验学校，其性质为民办公助，与清华附中并不相同，但两者共用一个校园，共享相同的教师资源，就连班级序列也相邻，颇有一校两制意味。

清华附中初中部有15名学生位列2017年中考成绩榜前100名，全校文化课平均分为503分，2016年中考文化课平均分更是高达515分，两度超越龙头老大人大附中。清华附中在中考中屡有突出表现，得益于独特的选拔、分配机制，其点招路径为水木龙华，与清华实验学校相同，但入籍附中的学生仅为实验学校招生人数的的1/2至2/3，大部分是超一流学霸，因此中考中常有突出表现。

清华附中的班形设置不太稳定，近几年非常多变。1998年清附开始尝试“一条龙计划”，2009年起校方正式启动“龙班”招优，推崇初、高中教学无缝衔接，直通大学教育，对升学考试也有弱化倾向，初中毕业考试中只要过线就可继续保送高中“龙班”。不过最近几年，“龙班”的说法似乎已经销声匿迹，这与政策导向不无关系。2014年北京市教委明令禁止各校在义务教育阶段分设重点班，清华附中在当年取消了分班考试，龙校点招名额、政策也受波及，此举广受批评。不过严选择优是“精英”教育模式不可逾越的障碍，2013年末清华附中开始积极推行“创新实验班”，可视为“龙班”的精神延续，如今初一入学阶段的分班考试也开始卷土重来。

除创新实验班外，清华附中还有马约翰体育特长班和美术特长班。两类特长班每年招生数仅在20名左右，不过班级实力不容小视。体特班创立至今已向清华、北大等高校输送400多名学生运动员，附中的男子篮球队在全国联赛斩获“十连冠”也与马约翰体特班有很大关系。美术特长班累计有100多名毕业生通往清华美院，这一数字看似单薄，其实充满含金量。美术特长班在2003年才开始招生，至今仅有10届毕业生，足见校方有深厚的加工能力和成熟的筛选机制。

清华附中配置了海淀区顶尖的师资力量。近300名教职工中半数拥有副高级职称，在海淀区内其骨干教师人数为20位，学科带头人达25位，其中的五名教师还身兼北京市学科带头人。清华附中至少在2014年开始对教材进行改革，原版国家课程被压缩、发散，形成了以基础、拓展、研究为核心的三层次课程教材。

清华附中校风颇受清华大学影响。附中校训为“自强不息，厚德载物”，与清华大学相同。为贯彻“为祖国健康工作50年”的口号，附中早在1960年代就开始组建长跑队，不过这一校园特征目前更多体现于体育特长生。

在校园管理方面，附中学生也能崭露头角，校方追求“学生自治”。初中、高中生一同参加学生干部培训大会，班级文化建设主要有学生自己完成。学生会、团委会自主招新，在日常生活中服务同学，管理班级，不过其工作框架会受校方指导，与大学自组织较为相似。

清华附中的课余活动丰富多彩。2016年第二学期，校方放松了对初中生社团组织的管控，2017年新注册的初中社团数量多达到25个，天文社、中二社悉数开张。能量无限的“科学怪咖”们也能在清华大学“挑战杯”中大显身手，清附初中生曾多次在杯赛课外科技作品展览中受到嘉奖。

清华附中是海淀六小强之一，在“发挥正常”的情况下，其毕业生通常会包揽海淀区中考百强榜中10%-15%的名额。引起成绩波动的首要因素或许在于班形不稳定，清华附中有开办早培班的意图，不过受到政策制约，其“重点班”的设置时常变动，也使得各届班级层次不一，清附在招生、管理机制方面也与人大附中有一定差距。有意入学的家长可关注水木龙华，清华附中与清华实验学校的点招均与之有重大关联。