钟书阁最开始一炮而红是因为获誉“上海最美书店”，在设计上，杭州分店依旧延续了钟书阁自有的特征，大门处印满各国文字的玻璃幕墙即是一大标志。整个书店被切割成四个部分：森林阅读区、镜面阅读长廊、环幕阅读大厅和儿童馆，每个部分都自有特点。森林阅读区以“森林”为设计理念，搭建了一根根白色圆形柱子，树柱上摆满了图书；阅读长廊以“三潭印月”为设计灵感，在天花板上铺上镜子，悬挂暖黄色灯罩，长廊两侧为图书区；环幕阅读大厅也是最受喜爱的一个部分，大厅呈圆弧形，层层阶梯落错有致，书架上设有灯带，方便读者找书；儿童馆有200平米，采用游乐场的主题风格，将旋转木马、过山车、海盗船做成了固定书架。

书店藏书丰富，涵盖了多种图书类别，其中以文学类、社科类占据多数。不同的图书所放置的区域也不同，如畅销书与新进书放在入门处的森林阅读区，镜面阅读长廊则是以文学著作为主，而环幕阅读大厅所设的图书主要为经济类、哲学类。书店虽然没有特别清晰的分类标准，但对于读者来说找书并未有太大困难。

书店文创产品丰富，出售笔记本、明信片、书签等物品。文创区的左侧有一个名为“盲选好书”的区域，这里的书籍用木色纸张包好，配上一张卡片，卡片上写着对应书籍的语录，读者可以根据卡片内容挑选自己感兴趣的书。不管是挑选过程还是书籍本身都带有神秘感。

杭州钟书阁是全国第三家钟书阁，一经开业便备受瞩目，人气极高，每天都有络绎不绝的读者到店。不过，钟书阁自身也存在着一些不可忽视的问题，比如人群喧闹嘈杂、没有图书检索系统等等。即使有着“中国最美书店”的标签，但这些问题的存在仍然降低了真正读者的阅读体验感，为钟书阁烙上了不太美好的印象。